有时候柴油发电机的散热器会产生故障，腐蚀可以说是散热器产生故障的最主要原因，因为在使用过程中，水中的空气会加速腐蚀进程。因此要经常保持管子接头不要泄漏，并从散热器的顶部定期加水排放空气，以保持系统内“无气”。
散热器不应该处于部份注放水的状况，因为这样更会加速腐蚀。对于不工作的柴油发电机，要把水全部抽掉或全部灌满。如果可能的话，用蒸馏水或自然软水，并要加入适量的防锈剂。
柴油发电机散热器的冷却液通常是很热的并且有压力。不可以在未冷却时整理散热器或拆除管子，不要在风扇运转时对散热器工作或打开风扇保护罩子。
外部清洁：在尘多或污积的环境，散热器的缝可能会被碎屑，昆虫等物堵塞，而这将影响散热器的效率。对这些轻沉积物经常性的清理可以用低压热水加上清洁剂喷洗，把蒸气或水从散热器前面向风扇喷射。如从反方向喷射只会把污物逼近中心。当使用此方法时，要用布遮挡柴油发电机。
顽固的沉积物，又不能以上述方式清除，则可以把散热器拆下浸在热的碱水约20分钟，然后用热水冲洗。如果因为接头漏水，而选择用硬水灌法用了一段时间，或者因为柴油发电机运行了一段时间又无用除锈剂，系统可能会因被水垢堵塞。
